L’organe délibérant est le comité syndical, instance décisionnelle, où siègent les délégués qui représentent les membres adhérents. A l'heure actuelle, 34 délégués représentent les 4 intercommunalités membres. Le conseil syndical se réunit au moins deux fois par an, vote le budget et les documents budgétaires et prend des délibérations concernant le fonctionnement du syndicat dans différents domaines (travaux, études, subventions, évolution statutaire, gestion du personnel…).

 Le bureau est composé du Président, d'un vice-Président et de 8 autres membres.

Les EPCI-FP participent au fonctionnement du syndicat au travers d’une cotisation annuelle et financent également une partie des travaux, déduction faite des aides publiques (entre 10 % et 80 % maximum) :

-       soit de façon mutualisée (travaux d’entretien)

-       soit de façon individuelle lorsque les travaux concernent particulièrement leur territoire.

 Les principaux partenaires financiers du SIGOM sont :

-       l’Agence de l’Eau Adour Garonne

-       la Région

-       le Département

-       l’Etat, au travers notamment de la DSCN en cas de crues (dotation de solidarité)

-       L’Europe via le Feader pour N2000