Le site comprend la majeure partie du réseau hydrographique du Saison, dont le bassin versant s’étend sur près de 630 km². La partie culminante du site s’élève à 1800m d’altitude sur les contreforts du Pic d’Orhy, tandis que le point le plus bas à Autevielle Saint Martin Bideren est à 40m. Le site s’inscrit donc dans deux contextes très contrastés : le montagnard et le piémont pyrénéen. Le site s’étend ainsi sur près de 3684 ha et représente environ 300km de cours d’eau permanents.

Le site Natura 2000 du Saison se situe en partie en Soule (environ les 2/3 amont du territoire), qui est l’une des 7 provinces du Pays Basque et dont Mauleon-Licharre est la capitale. La partie aval de la vallée du Saison s’établit en partie en Béarn et Basse Navarre.

Le bassin versant du Saison rassemble une population à dominante agricole et pastorale, peu dense. Les zones urbanisées les plus importantes se situent autour de l’agglomération mauléonnaise.

Sur le plan orographique, le relief du bassin versant est marqué par des altitudes élevées en amont, jusqu’à plus de 2000 m au pic d’Orhy, et sur le massif des Arbailles.

Le fond de vallée est ensuite plus large et s’inscrit dans un relief de collines, jusqu’à la confluence avec le gave d’Oloron, à une altitude d’environ 40 m.

Dans ce contexte montagnard et de piémont, les pentes longitudinales des cours d’eau sont très fortes en amont de Tardets et plus faibles en aval de Mauléon.

Jusqu’à Ossas, les pentes des affluents sont fortes ou très fortes et peuvent renforcer le caractère torrentiel des crues du Saison.

Ces fortes pentes favorisent des crues se formant et se propageant rapidement, avec une capacité d’érosion et de transport solide par charriage élevée.

Le climat océanique d’influence montagnarde a pour conséquence des précipitations abondantes (> 1300 mm/an). Le régime hydrologique est de type torrentiel pluvio-nival, occasionnant des crues parfois importantes (1937, 1992,1993 ou 2011) et des phénomènes d’érosion/remaniement des berges.

Ces facteurs cumulés sont à l’origine d’une diversité importante d’espèces végétales et d’habitats naturels, marqués également par l’activité humaine. 

Le bassin versant du Saison est majoritairement occupé par des boisements de feuillus, des prairies, des landes et des pâturages naturels. C’est notamment le cas des versants et têtes de bassin des affluents.

Dans les secteurs de plaines alluviales (de Laguinge-Restoue à la confluence avec le Gave de Pau), les cultures et les pâturages occupent une superficie importante.

Sur l’ensemble du bassin versant, l’urbanisation est très peu étendue, à l’exception de l’agglomération mauléonaise, et dispersée par tâches le long du cours principal du Saison.

Les principales modifications impactant le réseau hydrographique sont liées à la création des barrages qui ont été construits à partir du début du XX^ème siècle en vue d’une valorisation énergétique des eaux de la rivière. Ces barrages et leurs infrastructures associées (conduites forcées, centrales hydroélectriques, canaux, etc.) ont profondément modifié l’hydrologie, la morphologie, la chimie et la biologie du site. 

Il existe actuellement quatre stations de suivi de la qualité de l’eau sur le bassin versant pour lesquelles les résultats sont accessibles depuis le Système d’information sur l’Eau du site de l’Agence de l’eau Adour Garonne Adour-Garonne (http://adour-garonne.eaufrance.fr . De l’aval vers l’amont, elles sont localisées à Osserains-Rivareyte, Espes-Undurein, Menditte et Ossa –Suhare.

 Au vu des résultats sur ces 4 stations, la qualité de l’eau du réseau hydrographique est bonne à très bonne pour de nombreux paramètres.

Cependant, des perturbations notables, que ce soit en amont ou en aval du bassin versant, laissent à penser que des dysfonctionnements existent en matière de traitement des eaux usées (rendements épuratoires insuffisants et/ou rejets directs, etc.). Cette tendance est confirmée dans le PDPG de la Fédération de pêche, dans lequel il est fait état de la mauvaise qualité bactériologique et de la présence de matières organique, azotées et phosphatées.

D’autre part, certaines teneurs en Cuivre, Zinc et Mercure sont au-delà des valeurs seuils fixées par la DCE. Si leur impact est difficile à évaluer, ils sont potentiellement néfastes pour les communautés biologiques du cours d’eau (faune et flore), présentant notamment un risque de bioaccumulation.